La Inquisición española desarrolló su actividad en los territorios españoles de América a través de tres tribunales: los de Lima y México fundados en 1569, y el de Cartagena de Indias, fundado en 1610. En el resto de las colonias españolas americanas también actuaba, por medio de un comisario y el subsiguiente sistema de notarios y familiares (delatores oficiales), sujeto a la jurisdicción de uno de los tres tribunales principales. En Brasil, en tanto, la Inquisición Portuguesa, al quedar bajo la jurisdicción del tribunal de Lisboa, actuó a través del sistema de "visitas inquisitoriales" (tribunal itinerante).

Las inquisiciones española y portuguesa fueron primero clausuradas por un decreto de Napoleón en 1808, durante las Invasión napoleónica, aunque esta determinación no tuvo efecto sobre las autoridades coloniales. Pero la Inquisición Española también fue abolida por la primera Constitución española, medida que sí fue aplicada en algunos territorios, desapareciendo también por la independencia de las naciones hispanoamericanas, a comienzos del siglo XIX. La Inquisición Portuguesa fue finalmente clausurada por las "Cortes Generales Extraordinarias y Constituyentes de la Nación Portuguesa", en la misma época.